Han pasado los años y los mutantes están en declive. Logan, débil y cansado, vive alejado de todos hasta que acepta una última misión de Charles Xavier: la de proteger a una joven especial, de nombre Laura Kinney pero conocida como X-23, la última esperanza de la raza mutante.

Los X-Men son seres que poseen increíbles y peligrosos poderes que derivan de extraordinarias mutaciones genéticas. Bajo la tutela del profesor Xavier, sus poderes son puestos al servicio del bien. Ahora deberán proteger al mundo de Magneto.

Desde los albores de la civilización, fue adorado como un dios. Apocalypse, el primer y más poderoso mutante del universo X-Men de Marvel, acumuló los poderes de muchos otros mutantes, convirtiéndose en inmortal e invencible. Pero al despertar tras miles de años, se encuentra desilusionado con el mundo en que se encuentra y decide reclutar un equipo de mutantes poderosos, entre ellos a un descorazonado Magneto, con el fin de limpiar la humanidad y crear una nueva orden mundial, sobre la cual él reinará. A medida que el destino de la tierra está en juego, Raven con la ayuda del Profesor X se unirán junto a un equipo de jóvenes X-Men para detener a su mayor enemigo y salvar así a la humanidad de la destrucción total.

En la década de 1960, los seres humanos con superpoderes Charles Xavier y Erik Lensherr trabajan juntos para encontrar a otros como ellos, pero la vengativa persecución de Erik de un ambicioso mutante que arruinó su vida provoca un cisma que los divide.